地铁运营服务时间为6时30分至22时30分。地铁1号线工作日早晚高峰时段行车间隔从10分钟调整为4分10秒，地铁2号线工作日早晚高峰时段行车间隔从20分钟调整为6分30秒。地铁2号线实行大小交路运行(五缘湾站-新垵站-天竺山站)，大交路为五缘湾站-天竺山站，小交路为五缘湾站-新垵站。其中大小交路的行车间隔有所差别，在周末高峰段大小交路按1比1发车频次交替运行，即第一列开往天竺山，第二列开往新垵，第三列再开往天竺山，以此类推；在平峰段大小交路按1比2发车频次交替运行，即第一列开往天竺山，第二列和第三列开往新垵，第四列再开往天竺山，以此类推。
