清洗菩提子时，首先要将其放在温热水中浸泡1～2个小时，以软化里面的果肉残渣，将浮在水面或者颜色不一致的菩提子筛选出来。之后用钢丝刷刷洗每个部位，将其晾干后再用猪毛刷重新干刷几次，以利于上色均匀。
1、浸泡在清洗菩提子的时候，先将买来的菩提子放在温热水中浸泡1～2个小时，这样能软化里面的果肉和外皮，以便于清理，还能将颜色不一致或者浮在水面的菩提子筛选出来，以免影响盘玩的效果，同时不可在水里加入任何的清洁剂。
2、平刷待浸泡完毕后，用钢丝刷仔细清洗每个部位，主要以垂直的角度平刷，也不能胡乱刷，最好沿着上面的纹路刷洗，以免造成开裂的现象，由于钢丝刷坚硬且细密，这样对表面还能形成打磨的效果，再用钩针将里面的污垢清理出来。
3、重刷之后将其放在清水中浸泡半个小时左右，用手在水里面不停的搅拌，将里面的残渣洗出来，再将其捞起来擦干水分，放在阴凉的背光处晾干，等它完全干燥后用猪毛刷重新干刷几次，以助于更快的形成包浆。
