南京以理科为主的大学有：南京林业大学、南京医科大学、南京中医药大学、南京航空航天大学。
1、南京林业大学：是一所中央与江苏省共建并以江苏省管理为主的多科性大学，并且为江苏省十五所重点建设大学成员之一。
2、南京医科大学：是中华人民共和国教育部、中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会、江苏省人民政府三方重点共建的大学，教育部卓越医生教育培养计划试点高校。
3、南京中医药大学：是中国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省重点建设高校，也是江苏省与国家中医药管理局共建高校。
4、南京航空航天大学：是中华人民共和国工业和信息化部直属的一所具有航空航天民航特色、以理工类为主的综合性全国重点大学。
