金鱼粪便的处理方式有很多，如：
生态处理法：将金鱼的粪便交给清道夫鱼来处理。清道夫鱼属于骨甲鲇科，又叫吸盘鱼、垃圾鱼、琵琶鱼，清道夫的嘴像吸尘器一样，可以把鱼粪、绿色的植物统统吸到了肚子里，以此清理金鱼粪便。物理方法：换鱼缸内的水。用软管将水中赃物带水一起吸出，然后补进水质相同或尽量相近的水，一般换去旧水的三分之一，以此来清理鱼粪便。机器处理法：在鱼缸里装上电动过滤设备。将电动过滤设备接上电源，电动过滤设备即可自动工作，电动过滤设备可以过滤水中大颗粒杂物，将其金鱼粪便过滤处理掉。
