根据税法的规定，个人工资薪金收入由发放工薪的单位代扣代缴。扣缴义务人未按规定代扣代缴税款的，由税务机关向纳税义务人追缴税款（也可向扣缴义务人追缴税款，且扣缴义务人承担的该些税款，不得从企业所得税应税所得中扣除），并对扣缴义务人处应扣未扣税款50%以上3倍以下的罚款。
所以，公司无论以现金还是通过银行代发工薪的，均应当交纳个人所得税，并由公司从员工工薪中代扣代缴个人所得税。
