区别是：地域不同，管辖范围不同。广州海关于1950年1月31日设立，直属中华人民共和国海关总署，总部设在广州市，业务管辖范围包括广州市以及佛山、肇庆、韶关、清远、云浮、河源等七个地级以上市。黄埔海关坐落于广州市经济技术开发区志诚大道北，范围包括广州市黄埔区、广州经济技术开发区、广州高新技术产业开发区等地区，是广东省内七个直属海关之一。