真菌有1万属12万余种，真菌学家戴芳澜教授估计中国大约有4万种。按照林奈（Linneaus）的两界分类系统，人们通常将真菌门，分为鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门和半知菌亚门。