隆安三年，孙恩、卢循等二十七人在会稽起兵反抗晋朝，晋朝廷派前将军刘牢之东来镇压，刘牢之请刘裕为参府军事。刘裕为人机智有谋，勇敢善战，多次克敌致胜，屡立战功。因功升建武将军、下邳太守、彭城内史。刘裕从此起家，成为东晋一员虎将。刘裕于元兴三年二月初一，刘裕在家乡京口起兵讨伐篡晋的楚帝桓玄。405年，击败桓玄，晋安帝司马德宗复位，任刘为侍中、车骑将军、中外诸军事、徐青二州刺史、兖州刺史、录尚书事。刘裕从此控制了东晋朝政，权倾天下。刘裕执政晋室后，于409年率军灭掉广固的南燕政权，又回师击败卢循。