1889年归政于光绪，退隐颐和园。1898年，戊戌变法中帝党密谋围园杀后，慈禧发动戊戌政变，囚光绪帝，斩戊戌六君子，再度训政。1900年庚子国变后，实行清末新政，对兵商学官法进行改革。1908年，光绪帝驾崩，慈禧选择三岁的溥仪做为新帝，即日尊为太皇太后，次日17点，未正三刻在仪鸾殿去世，葬于菩陀峪定东陵。