1864年6月1日，洪秀全在多日以野草充饥后病逝，幼天王洪天贵福继位。7月天京失守，李秀成带领幼天王突围，混乱中失散，于同月22日在江宁方山被俘，亲书供状数万字后，于8月7日被曾国藩所杀。10月幼天王洪天贵福在江西石城荒山山洞被搜俘，11月18日在南昌被凌迟处死。长江以南的太平军余部谭体元部队在1866年初于广东梅县被肃清，江北的太平军赖文光部投入捻军，于1865年杀清军名将僧格林沁，继续对抗清军直至1868年。