三色堇的花期为4到7月。三色堇的花大，直径约3、5到6厘米，每个茎上有3到10朵花，通常有紫、白、黄三色。花梗稍粗、单生叶腋，上部具2枚对生的小苞片，小苞片极小，卵状三角形。萼片绿色，长圆状披针形，长1、2到2、2厘米，宽3到5毫米，先端尖、边缘狭膜质、基部附属物发达。三色堇上方花瓣深紫堇色，侧方及下方花瓣均为三色，有紫色条纹。侧方花瓣里面基部密被须毛，下方花瓣距较细，长5到8毫米。子房无毛，花柱短，基部明显膝曲，柱头膨大，呈球状，前方具较大的柱头孔。