1998年5月，国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位，2000年获得港澳台研究生招生权。到目前为止，烟台大学拥有法学和物理学2个硕士一级学科、34个硕士二级学科，1个法律硕士专业学位点，1个农业推广硕士专业学位点。目前招生专业为52个，分别为国民经济学、企业管理、法学理论、法律史、宪法与行政法学、刑法学、民商法学、诉讼法学、经济法学、环境与资源保护法学、国际法学、中国少数民族史、中国古代文学、考古学与博物馆学、专门史、英语语言文学、亚非语言文学、外国语言学及应用语言学、基础数学、应用。