系统相对论认为，太阳黑子就是在太阳内部自循环系统的外侧形成的超分子体。这些超分子体在液态物质环流的推动下到达太阳表面后，它们阻断了下面的对流向上加热表面，这就是我们观察到的太阳黑子。由于这些超分子体中部较厚边沿较薄，而呈现为中央很黑的“本影”和外侧较暗的“半影”。当超分子体漂移到环流推力较弱的区域时，超分子体又沉入太阳体内，这时太阳黑子也就消失了。超分子体沉入太阳体内后，在自循环系统的外侧再次聚集、相互粘连形成一个包覆自循环系统的固体壳层。由于自循环系统持续产生各种物质，导致内部压力不断增大，当这个压力超过超分子壳层的承受力时，壳层爆裂，内部高温高压的液态物质流率先冲到太阳表面，形成“耀斑”。随后解体的超分子碎块随液态物质环流再次缓缓浮到太阳表面，形成太阳黑子。