1、房产证颁发机构不同。小产权的房子房产证是由当地的乡镇颁发，个人是不具有实际产权的，而大产权的房子是由国家颁发产权证的，房产证是被国家认可和接受的，个人能够进行交易。2、所有权不同。小产权的房屋所有权是归乡镇的，而且个人想要转让需要满五年才能进行，还需要补缴土地出让金。大产权的房屋购买只可以自有进行交易或者转让，而且不需要补缴任何费用。