水源的水质很难得到保障，我国农村饮用水的水源以地下水为主，但随着工业规模的扩大和社会的不断进步，地表和浅层地下水的都受到不同程度的污染，另一方面，地下水的过度开采降低了地下水水位，既增加了取水难度，又增加了取水成本。农村饮水安全工程建设资金投入不足，饮用水处理设备陈旧、水处理设施及输配水官网不配套，急需政府投资大量精力进行升级改造，提高工程的供水能力。农村饮水安全工程比较分散，大部分地区缺乏专业维护和使用人员，管理难度大。