1、贷款对象不同：住房公积金贷款的对象为缴存住房公积金的职工；商业贷款属于个人住房贷款，面向所有人群。2、贷款利率不同：住房公积金贷款5年以上房贷利率大约是3.25%，具体以实际为准；商业贷款5年以上基准利率大约是4.9%，具体以贷款银行的房贷利率为标准。3、贷款比例不同：首套房纯住房公积金贷款的比例几乎都是8成，即首付20%；很多“限购”城市首套房商业贷款的比例是7成，即首付30%，至少也是首付25%，“不限购”城市的首套房商业贷款的比例是8成。二套房的贷款政策，商业贷款的限制比住房公积金贷款多很多。