长江的入海口在上海市崇明岛注入。长江口水域是上海市重要水源地，同时兼具工农业取水、通航、纳污、围垦、生态等多种功能，长江口已成为上海市建设世界级城市的重要支撑之一，其水资源的开发、利用和保护已成为人们关注的焦点。长江口不仅是多种生物周年性溯河和降河洄游的必经通道，也是亚太候鸟迁徙的主要驿站。合理保护长江口湿地，对于维持长江口地区生态环境和经济的协调发展有着重大的意义。