大部分的鱼都是靠鱼鳃呼吸的，当水流经过鱼鳃的时候，鳃丝内的血管可以和水完成气体交换，但是非洲的肺鱼可以用鱼鳔进行呼吸，使它在离水后也可以存活一段时间，鱼类生活也需要氧气，所以鱼在水中利用口和鳃盖交替开闭，使水不断从鳃流过，鳃从水中摄取氧并向水中排出二氧化碳，因此，鱼类是靠鳃呼吸的；
当鱼吸水时，水中的氧气就跟水一起从它们的嘴进去，当水经过鱼鳃片时，水中的氧气就渗到鱼鳃的毛细血管里，但是鱼鳃只能分离水中的氧气，而不能分离出空气中的氧气，只有肺才能分离空气中的氧气；
所以鱼在水中能呼吸自如，而在陆地上会窒息，还有一些鱼可以靠皮肤呼吸，如弹涂鱼可以用皮肤以及口腔黏膜呼吸，但在晒干前要重新回到水中。