不会胀气 许多人吃大豆后会感到肠胀气，这是因为大豆中存在胀气因子，即棉子糖和水苏糖等糖苷类物质。而腐乳经过微生物的发酵，这些胀气因子被分解。
蛋白质利用率提高 大豆所含的蛋白质是不易被消化吸收的，而经微生物的酶水解后生成了低分子多肽混合物，易于被消化吸收，使得腐乳中蛋白质的消化率从大豆的65.3%升高到96%。大量研究表明，腐乳中所含蛋白质的量和性能完全可以与动物性食品相媲美，且不含胆固醇，因此腐乳是一种含高蛋白的健康食品。
B族维生素增加 由于微生物的作用，腐乳中产生的维生素B2含量仅次于乳制品，比豆腐还高6～7倍；维生素B12量仅次于动物肝脏。对于常吃素食的人，经常吃些腐乳有预防恶性贫血和老年性痴呆的功效；维生素B1、尼克酸(又称烟酸)含量也高于一般的食品。
降低胆固醇 腐乳中的脂肪是不饱和脂肪酸，本身又不含胆固醇，大量实验动物研究表明，腐乳中的蛋白质疏水性成分能与胆酸结合，降低动物体内胆固醇的吸收及胆酸的再吸收。在动物体及人体上的许多研究结果也都证实，这种蛋白质具有降低胆固醇的作用，所以它比含高胆固醇的奶酪更有益于健康。
