子公司具有独立的法人资格，必须独立核算、独立申报纳税，在注册地缴纳税款，并适用按月或季预缴、年底汇算清缴的规定。分公司不具有独立法人资格，可以不独立核算，所得税可以在总公司合并汇算清缴，在企业所得税的征管上执行跨地区汇总缴纳企业所得税的规定，向当地所得税主管税务机关申请。
法律依据：《增值税暂行条例》固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税；总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，无论设立成子公司还是分公司，都需在机构所在地缴纳增值税。其他地税，如房产税、土地使用税，均需在资产所在地纳税;而个人所得税也应在企业生产经营当地缴纳。
