合同变更协议的生效时间是先看双方有无约定，若没有约定则是合同签订当天。合同变更协议属于对原合同内容的变更，因此这种变更的生效需要双方协商一致之后才可以顺利订立并生效，因此生效的时间也应该由双方当事人进行协商。如果不存在约定的话，那么变更协议的生效时间一般是签订当天，即合同成立之后就生效。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第五百四十三条当事人协商一致，可以变更合同。第五百四十四条当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
