新疆医疗保障局是正厅单位，医疗保障局为自治区人民政府直属机构,为正厅级。医保局是负责受理基本医疗保险、工伤保险、生育保险和离休干部医药费统筹基金的核定、支付、管理以及其它日常事务,为参加基本医疗保险、工伤保险和生育保险的用人单位、职工、离休干部提供相应的管理服务。
