中国科学技术交流中心、科学技术部海峡两岸科学技术交流中心、科学技术部上海培训中心、中国21世纪议程管理中心、国家科技基础条件平台中心、科学技术部科技评估中心、国家科技风险开发事业中心、科学技术部科技人才交流开发服务中心 人事司 、政策法规与体制改革司发展计划司 、科研条件与财务司 、国际合作司、 基础研究司、 高新技术发展及产业化司 农村科技司、 社会发展科技司、 机关党委 、离退休干部局 、重大专项办公室、 直属事业单位、 国家科学技术奖励工作办公室、科学技术部科技经费监管服务中心、科学技术部专家公寓、中国生物技术发展中心、科学技术部高技术研究发展中心、科学技术部知识产权事务中心、科学技术部信息中心、国家遥感中心、科学技术部机关服务中心、中国科学技术发展战略研究院、中国农村技术开发中心。
