两套帐有偷漏税风险，金税三期的全覆盖也给予偷税、漏税行为致命打击。金税三期建立的“一个平台、两级处理、三个覆盖、四个系统”税收管理信息系统，对纳税人信息进行实时监控。对税务机关而言，纳税人情况处于透明化状态。金税三期上线后，税务机关通过对比大数据分析就可知道企业经营是否异常。一旦发现异常，系统会自动预警，税务机关工作人员便会“登门拜访”。
