1、天然培养基：这类培养基含有化学成分尚不清楚或化学成分不恒定的天然有机物，也称非化学限定培养基。牛肉膏蛋白胨培养基和麦芽汁培养基就属于此类。此外，基因克隆技术中常用的LB培养基也是一种天然培养基。
2、合成培养基：这是由化学成分完全了解的物质配制而成的培养基，也称化学限定培养基。高氏1号培养基和查氏培养基就属于此种类型。配制合成培养基时重复性强，但与天然培养基相比其成本较高，微生物在其中生长速度较慢。
3、固体培养基：在液体培养基中加入一定量凝固剂，使其成为固体状态即为固体培养基。理想的凝固剂应具备的条件有：不被所培养的微生物分解利用；凝固剂凝固点温度不能太低，否则将不利于微生物的生长；凝固剂对所培养的微生物无毒害作用。常用的凝固剂有琼脂、明胶和硅胶等。
