使用火碱进行常规消毒，兑水比例为1：20，即1斤火碱兑20斤水，火碱溶于水后进行消毒。如果要使用火碱对病毒进行消杀，可以增加火碱溶液的浓度。
2%~4%的火碱溶液可杀死繁殖型细菌和病毒，10%的溶液在24小时内可杀死结核杆菌，30%的溶液在10分钟内可杀死炭疽芽孢。因此，火碱常用于鸡白痢、鸡瘟、鸭瘟、禽霍乱、猪丹毒、猪瘟、牛流感、结核病、布氏杆菌病、口蹄疫等传染病的消毒。
火碱对皮肤和器官有灼伤作用，因此不可用做畜体消毒，消毒时应将畜禽赶到舍外；进行消毒操作的人员，要注意自我防护，以免灼伤皮肤。如果皮肤不慎接触到火碱溶液，要先用流动的水冲洗至少15分钟，之后及时到正规医院进行救治。
火碱对纺织品、铝制品有腐蚀作用，此类用品不可用火碱消毒。
