黒衣组织出现在以下集数中：
1集，云霄飞车杀人事件；13集，奇怪的寻亲杀人事件；54集，电玩公司杀人事件；118集，浪花连续杀人事件；128集，黑暗组织10亿元抢劫事件；129集，来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件；176、177、178集，与黑暗组织的再会；230、231集，迷一样的乘客；272集，急忙掩饰的忽略后篇；286、287、288集，工藤新一纽约事件；289、290集，光彦森林迷失记，邵渊己一郎出场；307、308集，没有声音的证词前篇；309、310、311集，与黑暗组织接触；338、339集，四辆保时捷；340、341集，厕所隐藏的秘密前篇；345集，与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案；385集，斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音前奏曲；387集，斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音尾奏曲；394集，奇妙房屋的大冒险封印篇。
