低保户住院后可以去民政局的低保科进行医疗救助报销。有的地方是叫低保科，有的地方是叫社会救助科。
不过目前因为政策的改变，报完新农合之后剩下的自费部分金额要达到一定的数额民政才给报销，具体的情况可以咨询当地的民政部门。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十九条规定，参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
