双方签字的借款协议是否有效要看协议是否符合合同生效实质要件，如果符合的则借款协议有效；反之借款协议则无效。
合同生效的要件如下：
1、当事人具有相应的订立合同的能力。
2、合同意思表示真实。
3、合同不违反法律和社会公共利益。
【法律依据】
《民法典》第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力；
(二)意思表示真实；
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
