有籽西瓜和无籽西瓜最重要的区别在于培育方法上。有籽西瓜采用的是传统植种技术，而无籽西瓜是在有籽西瓜的基础上采用人工诱导多倍体的方法培育的。其次，还可以通过以下特征来辨别有籽西瓜和无籽西瓜：
1、种子的形态特征。无籽西瓜的种子比有籽西瓜大。
2、生长发育规律。无籽西瓜生长比有籽西瓜旺盛。
3、幼苗的形态特征。无籽西瓜子叶比有籽西瓜小。
