废水中大多含有很多有毒有害物质，其主要危害有三：
用废水进行灌溉其中的有毒有害物质会污染土壤，通过农作物，进入食物链，危害人体健康。废水处理都很困难，技术要求高，一般都会污染到下个水源，水体中残留一些有害离子。废水流经之地一般生态环境都会被破坏，而且难以恢复，还不时发出各种难闻气味。
