发豆芽的豆子，要选新豆子，陈年豆子发芽率低，有些陈年豆子甚至完全过了种子的生命期，不能再发芽。
购买豆子的时候，要挑选颗粒质量均匀的，那些皱皮、破皮、变质颗粒过多的，尽量不要选购，这样的豆子发芽率低。挑选的豆子颗粒要尽量均匀偏小，这样同等重量下，豆子的颗粒要多一些，发出来的豆芽也就更多。
市场上的豆芽，基本是黄豆芽、绿豆芽和黑豆芽为主，这主要是商家出于大众需求、大众口味、成本、产出、豆子来源等方面考虑，而家庭自己发豆芽，则可选择的豆子品种多得多，在中国常规下有好几十种豆子可以选择。
