非普通住宅契税适用税率都为3%。以上海市为例，根据《上海市人民政府批转市财政局关于本市贯彻〈中华人民共和国契税暂行条例〉若干意见的通知》第三条规定，本市契税的适用税率为3%。个人在本市购买商品房、受赠商品房、交换商品房的，即不论普通是住宅还是非普通住宅，契税适用税率都为3%。有特殊情况可进行免征。
出现下列情况的住在可按国家规定减征契税：
1、个人购买90平方米及以下普通住房，且该住房属于其家庭唯一住房的，契税税率减按1%。
2、个人购买90平方米以上普通住房，且该住房属于其家庭唯一住房的，契税税率减按1.5%。
3、个人购买经济适用住房契税税率减按1.5%；购买90平方米及以下的经济适用住房，且为家庭唯一住房的，契税税率减按1%。
普通住宅和非普通住宅契税的适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的幅度内按照本地区的实际情况确定，并报财政部和国家税务总局备案。
