1、目前海洋蓝洞的成因有两种类型，即石灰岩溶洞成因与珊瑚礁生长结构成因。
2、所谓石灰岩溶洞，即冰川时期因海平面降低，石灰岩受到溶蚀作用，在下部发育成为大型的空洞（类似溶洞），当溶蚀空洞越来越大，就造成了顶部塌陷而形成一个边缘陡峭的大洞，称为落水洞。
3、当冰川期结束之后，海平面上升，海水重新灌入这个落水洞，便成了大家看到的“蓝洞”。这一类型的蓝洞存在大量石笋、石钟乳等，裂隙发育，往往形成若干个与外海水相连的通道，洞内水体与外海水存在一定交换，洞底还可能有石灰岩壁或洞顶发生侵蚀坍塌掉落的大量产物。著名的伯利兹大蓝洞就属于这种类型。
