酶工程在现代人民生活中扮演着不可或缺的角色。酶工程的应用主要集中于食品工业，轻工业以及医药工业中。例如，固定化青霉酰胺酶可以连续裂解青霉素生产。淀粉酶，葡萄糖淀粉酶和葡糖异构酶这三个酶连续作用于淀粉，就可以代替蔗糖生产出高果糖浆，蛋白酶用于皮革脱毛胶以及洗涤剂工业，固定酶还可以治疗先天性缺酶病或是器官缺损引起的某些功能的衰竭等许多药物的制成靠的就是酶工程。例如，抗生素的生产，酶工程在抗生素生产中的应用以往采用化学合成，微生物发酵及生物材料提取等传统技术生产的药品，皆可通过现代酶工程生产，甚至可获得传统技术不可能得到的昂贵药品，如人胰岛素。酶工程还为食品和保健品的生产加快了速度和品质。啤酒家族的发展和维生素的生产都建立在生物技术特别时酶工程的研究的基础之上。发酵不仅为人类提供品种繁多的食品，还提高了食品的耐藏性。
