1、常温保存：蜂巢蜜在蜂巢中能保存很长很长的时间，蜜蜂的时常替换，以及蜂蜜、蜂胶等自身又有一定的杀菌灭菌之效，因此，在常温中，这种蜂蜜也能有一定的防腐效果，能在常温下存放5~10天不变质。
2、冰箱保存：冰箱是生活中保存食物的最佳选择，蜂巢蜜也一样可以放冰箱中保存防腐，冰箱的低温会抑制菌类的活性，延长蜂巢蜜保质期，这种保存方法能保存1~3月，放冰冻层可保存更长的时间，不经常打开甚至能保存半年左右。
3、真空保存：将蜂巢蜜用小的可抽空空气的小盒子装好，盖上盖子后用抽气泵将其中的空气尽量抽空，在密封存放，这种环境中含有的氧气极少，很多菌类会受到严重的抑制，最大可能的延长蜂巢蜜的保质期，适合长途运输，不开封可保存1~2年，开封后需尽快食用或冰箱保存。
