菠萝蜜可以剥一半留一半，把吃不完的菠萝蜜连皮封上一层保鲜膜后，放进冰箱保存即可。但是要在5天之内把剩下的菠萝蜜吃完，否则超过5天的菠萝蜜会发酵变质。
菠萝蜜中含有丰富的水分以及糖分，切开之后容易滋生细菌而腐烂变质，保存时间并不长，所以建议用保鲜膜包好，然后置于冰箱冷藏，这样可以延长其保存时间。
长时间不食用的菠萝蜜，可以放入冰箱中冷冻，菠萝蜜果肉中水分含量不是特别充分，所以果实可以耐低温，而且将菠萝蜜放在冰箱冷冻后，果肉的味道会变得另有风味，不过经过冷冻后菠萝蜜的营养价值会有部分的流失。
