1、经济发展与环境保护矛盾尖锐，环境优势日益衰减：珠海作为海滨城市，不仅以水为美，实为山水相间、陆岛相望而风景秀丽，但因经济开发之需求，近几十年以来的填海造地、挖山取地，致使许多陆岛被破坏，许多山体被削平，许多河流被污染，加之城市低水平滥建，青山被遮，绿水被挡，珠海生态环境已经面临危机。2.高端创新人才缺乏，创新发展后劲不足：高端人才缺乏是珠海改革创新的“短板”，人才资源是第一资源，珠海之所以大幅度相对落后，其中一个重要原因，是珠海缺乏像深圳所拥有的高端创新人才、高端研发人才、高端管理人才。3.过于偏重制造业发展，现代服务业被忽视：改革开放30多年来，珠海一直强调服务业发展，但产业发展重心实际上始终致力于发展大工业，不同发展阶段采取了多种措施，建立一系列激励机制大力推进工业园区建设，但基本上是以制造业为主，又多属两头在外企业，致使国内生产性服务业需求不足。
