苏州新区内高校共有两所，是苏州科技学院和苏州高博软件技术职业学院。
1、苏州科技大学：位于江苏省苏州市高新区科锐路1号，是一所中央与地方共建、江苏省与苏州市共建、以江苏省管理为主的普通高等院校，被教育部批准为卓越工程师教育培养计划高校。学校师资结构合理，综合实力较强。现有教职工1600余人，具有高级专业技术职务的教师538人。教师队伍中拥有中国科学院院士、第三世界科学院院士、美国医学与生物工程院院士、国家建筑设计大师、世界著名青年音乐指挥家等一批业绩卓著的名家名师。
2、苏州高博软件技术职业学院：位于苏州高新区科技城青山路5号，是经江苏省人民政府批准、教育部备案的全日制普通高等院校。学院地处太湖之畔的苏州科技城，距太湖仅3公里，占地400亩，总建筑面积约12.6万平方米，拥有先进完善的教学和生活配套设施。
