1、维持合适的pH。电泳时正极与负极都会发生电解反应，正极发生的是氧化反应，负极发生的是还原反应，长时间的电泳将使正极变酸，负极变碱。一个好的缓冲系统应有较强的缓冲能力，是溶液两极的pH保持基本不变。
2、使溶液具有一定的导电性，以利于DNA分子的迁移，浓度太低时电泳速度变慢；太高时就会造成过大的电流使胶发热甚至熔化。
