将USB显微镜数据线插入USB接口，并运行随机附带的驱动光盘里的安装程序，这样系统一般都会自动认出设备。如果系统出现“未经认证的驱动程序”之类的提示，只需要点击“继续安装”就可以了。
USB显微镜的成像质量与焦距的调节是密切相关的，而不同的物体、不同的观测距离都需要用不同的焦距相配搭才能显示最清晰的成像效果。当电脑里看到的物体的清晰度较差时，就证明焦距并没有调节好。需要在对准物体的前提下，尽量使镜头靠近物体，然后向左或向右手动调整显微镜机身上的焦距调节旋钮，当出现最清晰的成像效果时，就要及时停止调整，否则继续调整下去的话，成像效果又会变得模糊了。对立体感较为明显的观测物体来说（如主板上的一大堆电解电容），焦点只能落在某个具体的电容上，而其余的电容都会变得模糊起来，这是正常的现象。
