1、核酸分子杂交作为一项基本技术，已应用于核酸结构与功能研究的各个方面。核酸分子杂交具有很高的灵敏度和高度的特异性，因而该技术在分子生物学领域中已广泛地使用于克隆基因的筛选、酶切图谱的制作、基因组中特定基因序列的定性、定量检测和疾病的诊断等方面。
2、它不仅在分子生物学领域中具有广泛地应用，而且在临床诊断上的应用也日趋增多。
3、在医学上，目前已用于多种遗传性疾病的基因诊断，恶性肿瘤的基因分析，传染病病原体的检测等领域。
4、在基因工程第三项目中，鉴定目的基因是否整合到染色体DNA上和鉴定目的基因是否准确表达蛋白质。
