桂圆壳脆易碎，果肉易霉、易蛀，存放时应注意防潮、防热、防压、防虫；冰箱保存，桂圆属于热性的水果，可以用网状袋子或保鲜袋将龙眼分开装，每袋几十颗，分开装好之后放在4到6摄氏度的冰箱中冷藏保管，不宜冰冻保存，影响龙眼的口感和果肉质感；低温气调贮藏，适当的温度能降低果实的呼吸强度，有效地抑制多酚氧化酶的活性和微生物的活动；熏硫保鲜，泰国近年来出口的龙眼都经过熏硫处理，熏蒸20分钟，低温贮藏35天；速冻保鲜，挑选好新鲜果实，进行防裂处理后，在1小时内把果实的中心温度降至负30摄氏度，然后长期贮藏于负18摄氏度的冷库中，可贮藏一年或更长的时间；气调保鲜，桂圆采收后，先行预冷2天，然后对果实进行整理，剪除劣果、破果后，用百分之0.1甲基托布津淋洗果穗以杀菌消毒，直接装在0.04毫米厚的聚乙烯薄膜袋中，或先装在塑料周转箱中，再套上塑料袋，在适当湿度、温度的库房中贮存。
