小萨摩耶通常在出生一个月以后就要开始打疫苗。这是因为在这个时候，小萨摩耶从母狗身上带来的各种抗体已经基本消耗没了，而且小萨摩耶也都基本上断奶，不可能再从狗妈妈身上得到对于某些疾病的免疫力，这个时候就要通过外来的注射来让小萨摩耶自己产生抗体。
小萨摩耶在6周以后开始打的是犬小二联疫苗，主要是预防两类对狗来说十分危险的疾病：犬瘟和细小病毒。如果萨摩耶已经超过50天了，就可以跳过打二联的这一步直接给萨摩耶打五联或是六联了，预防的疾病种类也更多些，五联和六联的区别主要是预防的病毒种类差一种，但是不管是五联还是六联，都不包括狂犬疫苗，狂犬疫苗都是要单独注射的。小萨摩耶到了三个又以后才可以注射狂犬疫苗，以后每年打一次即可。
