两者的范畴不同：化学能的范畴比生物质能大，化学能是物体发生化学反应时所释放的能量，生物质能是绿色植物通过叶绿素将太阳能转化为化学能存储在生物质内部的能量；两者的载体不同，化学能的载体可以是多种多样的，而生物质能的载体是自养型的生物；两者产生能量的速度有差异，大部分化学能的产生速度比较快，而生物质能一般产生比较慢。
