生蚝不是所有部位都能吃的，外壳和内脏不能吃。
生蚝的壳质地十分坚硬，是不能消化吸收的部分，并且生蚝壳外有大量的杂质和细菌，食用了会影响身体健康，一些散落在生蚝肉中细小的碎壳也是要剔除出来的。生蚝肉虽然吃起来鲜美可口，但是生蚝内部还是有个绿色或黑色的肠腺团，主要是生蚝的内脏和肠腺，里面有部分生蚝吃的海藻残留物，建议在吃生蚝时可以不吃生蚝的内脏团。
生蚝是一种高蛋白、低脂肪、容易消化且营养丰富的食品，含有丰富的甘氨酸和一种名为肝糖原的糖类物质，它们是生蚝美味的基础。
