基督教和三自教区别：
1、元首不同 ：三自教以政府为首，以宗教政策为原则管理；基督教以基督为元首，以圣经教导为依据治理；
2、圣职设立不同 ：三自教内圣职人员必须由宗教事务局批准后才能设立。基督教是按圣灵的恩膏，受真理的装备，有恩赐，被教会认可，合乎属灵的道德品质而设立。
3、根基不同： 三自教是由政府所发起的三自革新运动而产生，并以吴耀宗为首的社会福音派为主流。部分三自教发起者并非基督徒。 基督教是以圣经为信仰基础，又继承基要派 及福音派之传统而发展的。
4、道路不同 ：三自教实行政教合一，顺从政府宗教政策，并参加政治运动。 基督教主张政教分离，在合乎圣经的原则下顺服政府，但当两者抵触时，是顺从神而不顺服人，并愿为顺服神付上代价，就是走十架道路。
5、使命不同 ：三自教只能在登记的教堂内进行各种宗教活动，画地为牢。 基督教则遵行大使命，在艰难中奋力传福音、建立牧养教会，得以迅速发展。
