清朝的皇帝不属于任何旗。皇帝亲领上三旗，为上三旗的旗主。
八旗制度是清太祖努尔哈赤于明万历二十九年正式创立，初建时设四旗：黄旗、白旗、红旗、蓝旗。一六一四年因“归服益广”将四旗改为正黄、正白、正红、正蓝，并增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，合称八旗，统率满、蒙、汉族军队。规定每三百人为一牛录，设牛录额一人。五牛录为一甲喇，设甲喇额真一人。五甲喇为一固山，设固山额真一人，副职一人，称为左右梅勒额真。 皇太极继位后为扩大兵源在满八旗的基础上又创建了蒙古八旗和汉军八旗，其编制与满八旗相同。满、蒙、汉八旗共二十四旗构成了清代八旗制度的整体。满清入关后八旗军又分成了禁旅八旗和驻防八旗。
