厌氧菌是细菌的分类，其中厌氧指细菌在生活中不需要氧气，在充满氧气的空气中反而不能进行繁殖，所以称作厌氧菌。厌氧菌可分为有芽孢的梭菌属，以及没有芽孢的杆菌和球菌。
有芽孢的梭菌，包括破伤风梭菌、艰难梭菌、肉毒梭菌、产气荚膜菌，这一般是外源性感染。在受伤后如果感染破伤风梭菌，有可能导致破伤风。如果通过食物进入人体内感染肉毒梭菌，可导致肉毒中毒，这大多是外源性的感染。而没有芽孢的厌氧菌，大多是人体的正常菌群，有双歧杆菌与脆弱类杆菌等。
