1、颜色。紫水晶的颜色主要淡紫色、紫红、深红、大红、深紫、蓝紫等颜色，以深紫红和大红为最佳；而紫萤石主要颜色有黄色、淡紫、玫瑰、绿黑、灰等各种颜色，颜色没有紫水晶的艳丽高贵，很容易看出来。
2、化学成分。紫水晶的主要化学成分为二氧化硅，因含有铁、锰等矿物质而形成漂亮的紫色；紫萤石的主要化学成分为氟化钙，因含有氟矿物的比例不同而呈现颜色不一的紫色萤石晶。
3、摩氏硬度。紫水晶的硬度比较高，呈三方晶系，摩氏硬度为7；紫萤石硬度较低，摩氏硬度为4，呈等轴晶系，两者相化出现划痕的为子萤石晶。
4、包裹体特征。紫水晶，质次者有不规则包裹体、呈棉絮状气泡，不规则。而紫萤石则基本没有包裹体，内里只会有些解理纹且非常纯净。
5、晶形。紫水晶，六方柱、三方双锥、聚光、拄面有横纹、有双晶、以水滴其晶面呈保持圆珠状。而紫萤石为不规则晶体，常呈立方体、八面体、菱形十二面体及聚形，也可呈条带状致密块状集合体。
